Từ năm 1990 trở đi, Werleigh trở nên tích cực trong quản trị công và chính trị ở Haiti. Từ tháng 3 đến tháng 8 năm 1990, bà là Bộ trưởng Bộ Xã hội với tư cách là một người độc lập trong chính phủ lâm thời của Tổng thống Ertha Pascal-Trouillot. Khi Aristide trở thành Tổng thống, Werleigh gia nhập nội các của Thủ tướng Rene Preval vào năm 1991 và tham gia vào phong trào Lavalas để ủng hộ tổng thống. Từ tháng 7 năm 1992 đến tháng 10 năm 1993, bà là giám đốc điều hành của văn phòng Washington tại Haiti, làm công tác vận động công khai và vận động hành lang. Năm 1993-95, bà là Bộ trưởng Bộ Ngoại giao và Tôn giáo trong các chính phủ Malval và Michel. Sau đó, bà giữ chức Thủ tướng trong một trăm ngày vào năm 1995-96. Nhiệm vụ của bà là củng cố bộ máy lãnh đạo và tổ chức các cuộc bầu cử tổng thống dân chủ.[7]

Claudette Werleigh chỉ định một nội các với 17 bộ trưởng, trong đó có 4 phụ nữ và tuyên bố rằng mục đích của cô là công bằng chính trị, xã hội, văn hóa và kinh tế [8] Bà nhận được hỗ trợ tài chính cho năng lượng, nông nghiệp và xây dựng đường bộ và cải thiện quan hệ với Cuba và Đài Loan. Bà cũng đã cố gắng giảm sự phụ thuộc kinh tế của Haiti và tạm dừng quá trình tư nhân hóa. Nhưng sau đó IMF đã giữ lại các khoản vay, gây ra một cuộc khủng hoảng chính trị. Rene Preval được bầu làm tổng thống với 88% phiếu bầu. Đó là sự thay đổi hòa bình đầu tiên của tổng thống kể từ khi Haiti trở nên độc lập. Preval là một đồng minh của Aristide và muốn Claudette Werleigh tiếp tục làm thủ tướng. Nhưng đa số trong quốc hội, giữ quyền phê chuẩn thủ tướng, đã thay đổi, vì vậy, Werleigh đã rút lui và rời khỏi đất nước.[9]